Tahun 2017, tujuh tahun setelah perang, Jepang telah dikuasai oleh Britannia. Britannia telah menginvasi hampir seluruh dunia dengan menggunakan teknologi yang bernama Knightmare Frame. Akhirnya, para warga Jepang kehilangan hak, harga diri, kebebasan, bahkan nama mereka. Semua warga Jepang tidak boleh memakai nama Jepang. Oleh Britannia, orang Jepang disebut Eleven, dan Jepang dinamakan Area 11.
Lelouch Lamperouge tampaknya adalah seorang pemuda biasa, tetapi ia sesungguhnya adalah Pangeran Britannia yang dibuang oleh sang ayah, Charles zi Britannia setelah kematian ibunya, Marianne vi Britannia. Lelouch akhirnya hidup berdua bersama sang adik, Nunally yang menjadi buta dan lumpuh setelah menyaksikan kematian sang ibu. Dipenuhi niat balas dendam pada sang ayah, Lelouch bersumpah di depan sahabatnya, Suzaku Kururugi bahwa ia akan menghancurkan Britannia dengan tangannya sendiri. Suatu ketika, Lelouch bertemu dengan gadis misterius bernama C.C (Tsi-tsu)
